正如人的心脏一样，高效液相色谱仪中的高压恒流泵必须能可靠的运转。但是要做到长时间低维护的可靠运转，就需要对泵有足够的了解，并注意与之有关的事项。
目前作为商品出售的高压恒流泵多为往复式柱塞泵，结构原理如图1所示。凸轮与连杆将电机的圆周运动转变为柱塞杆的线性运动，在有单向阀的结构中，柱塞杆将常压下储液瓶中的流动相吸至泵腔后再送出，其耐压可达41MPa。通过改变凸轮的形状和电机的转速及柱塞杆的尺寸可以将流动相的脉动降至最小。如果对泵的各个部分都有清楚的认识，将来排出操作过程中出现的故障就很简单了。
单向阀:泵头通常由两部分组成--单向阀和密封圈-柱塞杆。图2是单向阀的示意图。该单向阀一般由阀体\塑料\或陶瓷阀座和红宝石球组成。在压力的作用下宝石球离开阀座，流动相流过单向阀;反之，在反向力的作用下，宝石球回到阀座上，此时流动相不再流过单向阀。显然宝石球与阀座之间的配合必须非常适合才能防止流动相的泄漏。为了保证单向阀不发生泄漏，一些单向阀中安装了两套宝石球和阀座，也有一些单向阀是将宝石球用一个合适的弹簧压在阀座上。在不同的应用领域，单向阀阀体的材料有所不同，例如考虑生物兼容性的系统，单向阀的阀体往往采用金属钛，而不用不锈钢。为了降低成本和减少维护费用，一些生产厂商还采用了可置换式的卡套式塑料单元件，当然其功能仍保持不变。
柱塞杆与密封圈:柱塞杆在泵头内做前后的往复运动，完成将流动相吸入泵头然后再输出的过程。柱塞杆的典型材料蓝宝石，不锈钢或其他材质的柱塞杆往往用于一些特殊的领域。泵头内的密封圈是防止流动相从柱塞杆的周围流走而设计的。
在吸液过程中，由于柱塞杆的运动而在泵腔内形成负压。此时因色谱柱的，泵头外的压力显然高于泵头内，在这两种压差下出口单向阀的宝石球落回到阀座上;而对于入口单向阀，因为外界大气压大于泵腔内的压力，宝石球离开阀座，流动相顺利的进入泵腔。
与此相反的输液过程，由于柱塞杆的运动使压力增加，入口单向阀的宝石球落回到阀座，入口单向阀处于关闭状态;当泵头内的压力继续增加，并且超过了泵头外的色谱柱的反压时，出口单向阀开启，流动相输出。